归国难侨主要的侨居地为东南亚地区，除泰国外，东南亚各国在战时均受到了日本的暴力入侵和贪婪掠夺，使得各国在战后元气大伤。同时，在反抗日军侵略的战争中武装起来的东南亚人民也增强了民族主义意识和独立意识，在战后数年间纷纷要求独立自决，与战后抢夺胜利果实的西方殖民者发生了战争。而极端民族主义的弊端则造成了排外思想的盛行，导致东南亚各国政府通过提高入境条件、严审难侨资格等多种手段拒绝或拖延遣侨工作的进行，特别是由于部分难侨在战乱中丢失了海外证件，更是给了当地政府以拒绝的口实。
一、战后东南亚的社会情况
日本政府对物产丰盈的东南亚国家窥视已久，长期以来就密谋侵略，以实现其所谓的“大东亚共荣圈”幻想。日军侵占中国东部沿海后，就开始实施“南进政策”，发动了太平洋战争并在短期内击败了殖民东南亚的西方军队，攫取了这块富饶的土地。
日本占领东南亚期间可谓竭泽而渔，为支撑其侵略战争的需要而疯狂的掠夺各种战略资源，奴役当地民众成为日军苦力。日本投降后，留给东南亚的是一片萧条，粮食短缺是各国不得不应对的首要困难。
例如战后初期的菲律宾，正如其总统罗哈斯在就职典礼上的演讲中指出的那样，“我们的城市毁灭了，我们的田园荒芜了。国会大厦的支柱倾倒了……在我们的国家里，饿殍遍野，因通货的恶性膨胀，货物工资均且直线上升。黑市带来了各种恶魔，是使商业圈子里，根本无视法律和公德。”
当时的菲律宾住房、学校、药品、食品，急需物资等均严重短缺，相比于战前，物价涨幅髙达800%。这样的情况在东南亚各国普遍存在，给各地政府和人民的战后重建带来了严重的阻碍。战争破坏了各地的基础设施，导致交通和通讯的中断，也使得人员往来变得更加困难。
各国政府纷纷以缺乏住房、粮食以及交通不畅为由拒绝难侨返回，还美其名曰是为了防止难侨返回当地遭遇失业和饥饿问题。
实际上，虽然各国经济原逊于战前水平是事实，但对于容纳人数并不多的华侨来说还是绰绰有余的，战后的形势不过是各国的借口而己，因此中国外交部门对这种行径给予了驳斥。
在答复英国政府关于拒绝难侨返回英属殖民地的照会中，中方就明确表示“华侨现已准备自行设法解决交通问题，请英方毋庸顾虑。至于粮食问题，则缅甸向以农产丰盛著称，除供给缅境一千四百余万人口之食粮外，每年尚可出口二百五十余万吨米粮，今欲返缅甸之华併为数有限，对于缅甸食粮绝不至发生重大影响。又马来亚归国华侨返回原地之交通问题，亦可自行设法。”
英政府不得不向中方有所妥协，允许接收对战后重建能做出贡献的难侨入境，其中英属缅甸要求有工作技能且能携带生产工具的难侨优先遣返，新马则公布了接收难侨重返的具体职业要求为从事公共事务和必需的服务业、律师和医生、银行业、商业、代理业和运输业、橡胶业、椰油和棕榈油业、木材和土产行业、矿产业、工程和当地工业者。
有些国家则要求被遣返的难侨必须由当地华侨提供住房与食品方可入境，例如荷印就明确要求归侨返回后的食宿问题由当地侨团负责。
总之，因为各国的物资短缺，使得其在面对救济本地人和华人上未能遵循联总所提倡的一视同仁原则。自行解决食宿和工作成为了一项隐含的遣返条件，造成了不少难侨事实上丧失了重返侨居地的机会。
二、排华思想的影响
战后东南亚普遍出现的排华思想给遣侨工作带来的困难比物资短缺还要大。
日军在东南亚横扫西方军队的表现增加了东南亚人民对身为亚洲人的自信，而日本投降前默许各国独立的政策则彻底点燃了东南亚各国追求民族独立的烈火，但这场烈火却随着日渐强烈的民主主义运动延烧至华侨身上。
西方殖民者为稳固其统治长期以来刻意制造民族对立，使得当地人对殖民政府的仇恨转移到华人身上。面对战后的粮食、住房短缺和大量失业，东南亚一些国家的政府再次将矛头指向华侨。对居住于其境内的华侨，政府利用各种限制政策阻碍华侨的经营活动，对外则拒绝归国难侨重返侨居地。其中最为典型的国家当属菲律宾：
一方面，菲律宾的政客们在竞选时纷纷以排华为自己的主张，当时的街头演讲中许多内容都与华人有关，造谣“菲岛最美丽的房屋为华侨占去了，最漂亮的女人为华侨娶去了，最有用的金钱为华侨抢去了”，煽动民众与华人的对立情绪。
另一方面，独立伊始的菲律宾政府就疯狂地实行了大量的“菲化政策”，在国内以法律的形式限制外侨的商业活动，由于华人在菲律宾外侨中超过90%，因此菲化政策实际上针对的就是华侨。
仅在菲律宾1946-1949年期间，菲律宾第一届国会就通过了10项菲化法案。在面对遣侨问题时，上至总统罗哈斯、副总统季里诺，下至移民局官员，均对华侨重返菲律宾持反对态度，致使联总和国际难民组织以及中国外交部与之进行了长期的交涉，最终多数难侨也未能返回菲律宾。
同样，英属缅甸对于归侨再次进入该国也表现出了排斥，早在联总、行总还未正式办理遣返前，当地人就在中缅边境地带对经过陆路自行返回缅甸的归侨进行暴力袭击，将华侨行李抢劫一空后再强行驱逐出境，此种非法行径却得到了英缅政府的暗中支持。
类似的情况在印尼、越南同样存在，尤其是在两国同试图恢复殖民的荷兰、法国政府发生冲突后，更是肆无忌惮地对控制区内的华侨进行抢劫甚至残忍杀害。仅有新马地区，由于华侨数量较多且与当地人关系相对融洽而没有出现大规模排华现象。
物资短缺和排华思想的蔓延给遣侨工作带来的破坏是非常严重的，而且二者在很大程度上还存在着紧密联系，物资短缺使得政府在战后救济中不愿一碗水端平，而排华思想又使得政府在救济时必须优先当地人，正如时任菲律宾副总统季里诺致国际难民组织远东局的信中所提到的那样，“菲律宾遵守联合国的义务，并且愿意与各国际组织积极配合，但是在要求我国接收华侨的问题上，考虑到菲律宾的实际情况，将更好的社会福利给予菲律宾本国人才是更好的选择。”
对于国际组织和中国外交部来说，各国政府的排斥政策使得双方的遣侨交涉变得困难而复杂，而且这种交涉往往因当地政府强硬的反对而以失败告终；对于中国国内的难侨来说，侨居地政府迟迟不予发放入境许可意味着其在国内的等待时间不断增加，在国内流离失所的难侨多数早己经不起这般折磨，不得不放弃了重返国外的希望；对于有幸返回原侨居地的难侨来说，其战前的财物和生意很可能己经遭到了损害，期盼己久的重建生计变得遥不可及。
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