基因表达是指 基因组中结构基因所携带的遗传信息经转录翻译等一系列生化反应过程，合成特定的蛋白，进而发挥特定的生物学功能和效应的全过程
基因表达受到体内外多种因素的影响，而且具有时空特异性
1. 转录前 ：组蛋白修饰
2. 转录：转录酶、启动子、顺式作用元件、 反式作用因子
3. 转录后：mRNA剪接、mRNA编辑、mRNA稳定
4. 翻译：翻译速度
5. 翻译后：蛋白质修饰、稳定、靶向运输
名词备忘：
顺势作用元件：存在于基因旁侧序列中能影响基因表达的序列。顺式作用元件包括启动子、增强子、调控序列和可诱导元件等，它们的作用是参与基因表达的调控。顺式作用元件本身不编码任何蛋白质，仅仅提供一个作用位点，要与反式作用因子相互作用而起作用。
反式作用因子：反式作用因子是转录模板上游基因编码的一类蛋白调节因子，包括激活因子和阻遏因子等，它们与顺式作用元件中的上游激活序列特异性结合，对真核生物基因的转录分别起促进和阻遏作用。
顺式作用元件
1. 启动子（promoter）：启动子是RNA 聚合酶识别、结合和开始转录的一段DNA 序列，它含有RNA 聚合酶特异性结合和转录起始所需的保守序列，多数位于结构基因转录起始点的上游,启动子本身不被转录。
真核细胞有三种RNA聚合酶：
RNA polymerase I : 转录rRNA
RNA polymerase II: 转录mRNA
RNA polymerase III: 转录tRNA等
启动子模式图：TATA BOX + lnR 或者 lnR+DPE(下游启动子元件)
2. 增强子（enhancer）
增强子能大大增强启动子的活性。增强子有别于启动子处有两点:[1]增强子对于启动子的位置不固定，而能有很大的变动;[2]它能在两个方向产生相互作用。一个增强子并不限于促进某一特殊启动子的转录，它能刺激在它附近的任一启动子。
可以提高同一DNA链上靶基因的转录效率，对细胞和组织有很强的特异性。
反式作用因子：
1转录因子：分为基本转录因子、转录激活/抑制因子、辅助调节因子
转录因子与RNA聚合酶形成转录起始复合体，共同参与转录起始的过程。
转录因子的结构域：DNA结合结构域+转录调节结构域
TFIID：与TATA BOX结合的转录因子复合物，包括TBP（TATA binding protein）和TAFS （与TBP结合的因子）
组蛋白修饰和基因序列的关系：
经常看到组蛋白修饰能够表示增强子活性之类的，其实也就是DNA和蛋白质（修饰过的组蛋白）相互作用，
特定修饰过的组蛋白可以与特定序列结合。 这种结合可以通过染色质共沉淀发现。
染色质共沉淀（CHIP)：先将染色质打断成很小的片段，选择能特异识别并结合某组蛋白某修饰的抗体去吸附染色质片段，最终将组蛋白连同附在上面的DNA一起沉淀下来。由此就可以研究组蛋白（修饰）和DNA（区域）的联系，接下来可以通过CHIP-seq对沉淀下来的DNA序列进行测序。
1. 初级转录本加工：
未被剪接的RNA初始转录物，因长度不均一，被称为异质性核内RNA。