截至2024年12月，南京地铁已开通运营线路共有13条，包括1、2、3、4、5、7、10、S1、S3、S6、S7、S8及S9号线，均采用地铁系统，共234座车站（换乘站重复计算），地铁线路总长484千米，构成覆盖南京全市11个市辖区及句容市的地铁网络。南京是中国第一个区县全部开通地铁的城市，也是中国第四个开通跨市地铁线路的城市。
截至2024年12月，南京地铁5号线北段、6号线、9号线一期、10号线二期、S2号线马鞍山段、4号线二期、3号线三期、11号线一期、S2号线南京段、S4号线南京段、S5号线一期正在建设中（按开工先后顺序排序），预计将于2026年前陆续建成运营。
1、南京地铁1号线
中国药科大学、南京交院、南医大·江苏经贸学院、龙眠大道、天印大道、竹山路、小龙湾、百家湖、胜太路、河定桥、双龙大道、南京南站、花神庙、软件大道、天隆寺、安德门、中华门、三山街、张府园、新街口、珠江路、鼓楼、玄武门、新模范马路、南京站、红山动物园、迈皋桥、晓庄、吉祥庵、燕子矶、笆斗山、八卦洲大桥南
2、南京地铁2号线
经天路、南大仙林校区、羊山公园、仙林中心、学则路、仙鹤门、金马路、马群、钟灵街、孝陵卫、下马坊、苜蓿园、明故宫、西安门、大行宫、新街口、上海路、汉中门、莫愁湖、云锦路、集庆门大街、兴隆大街、奥体东、元通、雨润大街、油坊桥、螺塘路、青莲街、天保街、鱼嘴
3、南京地铁3号线
林场、星火路、东大成贤学院、泰冯路、天润城、柳洲东路、上元门、五塘广场、小市、南京站、南京林业大学·新庄、鸡鸣寺、浮桥、大行宫、常府街、夫子庙、武定门、雨花门、卡子门、大明路、明发广场、南京南站、宏运大道、胜太西路、天元西路、九龙湖、诚信大道、东大九龙湖校区、秣周东路
4、南京地铁5号线（南段站点）
吉印大道站、九龙湖南站、诚信大道站、前庄站、科宁路站、竹山路站、新亭路站、东山站、文靖路站
4、南京地铁4号线一期
龙江、南艺·二师·草场、云南路、鼓楼、鸡鸣寺、九华山、岗子村、蒋王庙、王家湾、聚宝山、苏宁总部·徐庄
金马路、汇通路、灵山、东流、孟北、西岗桦墅、仙林湖
5、南京地铁7号线北段
仙新路、尧化门、尧化新村、丁家庄南、丁家庄、万寿、晓庄、幕府山、五塘广场、幕府西路
6、南京地铁10号线一期
安德门、小行、中胜、元通、奥体中心、梦都大街、绿博园、江心洲、临江路、浦口万汇城、南京工业大学、龙华路、文德路、雨山路
7、南京地铁S1号线(机场线)
南京南站、翠屏山、佛城西路、吉印大道、正方中路、翔宇路北、翔宇路南、禄口机场、空港新城江宁
8、南京地铁S3号线(宁和城际)
高家冲、林山、桥林新城、石碛河、双垅、兰花塘、马骡圩、刘村、天保、高庙路、吴侯街、平良大街、永初路、油坊桥、贾西、春江路、铁心桥、景明佳园、南京南站
9、南京地铁S6号线
马群、百水桥、麒麟门、东郊小镇、古泉、猿人洞、汤山、泉都大街、黄梅、童世界、华阳、崇明、句容
10、南京地铁S7号线(宁溧城际)
空港新城江宁站、柘塘、空港新城溧水站、群力、卧龙湖、溧水、中山湖、幸庄、无想山
11、南京地铁S8号线(宁天城际)
长江大桥北站、毛纺厂路站、泰山新村、泰冯路、高新开发区、信息工程大学、卸甲甸、大厂、葛塘、长芦、化工园、六合开发区、龙池、雄州、凤凰山公园、方州广场、沈桥、八百桥、金牛湖
12、南京地铁S9号线(宁高线)
翔宇路南、铜山、石湫、明觉、团结圩、高淳
线路起止站点首班车末班车南京地铁1号线八卦洲大桥南站5:3023:24中国药科大学站5:4723:27南京地铁2号线鱼嘴站6:0023:00经天路站6:0023:00南京地铁3号线林场站5:5023:00秣周东路站6:0023:10南京地铁5号线吉印大道站6:0021:00文靖路站6:0021:00南京地铁4号线龙江站6:0023:00仙林湖站6:0023:00南京地铁7号线仙新路站6:0023:00幕府西路站6:0023:00南京地铁10号线雨山路站5:4023:00安德门站6:0023:40南京地铁S1号线南京南站6:0022:40空港新城江宁站6:0022:40南京地铁S3号线南京南站6:0023:00高家冲站6:0023:00南京地铁S6号线马群站6:0022:30句容站6:0022:00南京地铁S7号线空港新城江宁站6:0022:00无想山站6:0022:00
南京地铁卡的打折规则是，每个自然月里面，普通人持有储值卡乘坐地铁的时候，如果消费的累计金额在150元以下，是可以给予票价9.5折的优惠。如果超过了150元，那么可以给予票价的9折优惠。如果超过了200元，是可以票价打8折的。超过了300元，则恢复到基本的9.5折优惠。至于公共交通换乘的优惠则是每个人1.6元一次。
单程票：外观圆形，面值与购买价格相对应，单次乘坐进闸机生效，到达目的地站后出闸机后回收。
金陵通卡：具有储值功能，没有最低金额限制，上不封顶，刷卡成人九五折未成年人对折。根据优惠政策，使用金陵通卡乘坐地铁后，90分钟之内换乘其他交通工具，或其他交通工具换乘地铁，有1元优惠。
纸质车票：是指南京地铁出现大客流时，采用人工售票、人工检票验票所使用固定面额的纸质的车票。
限期计次卡：是南京地铁每逢节假日或者南京地铁运营纪念日发行的一定面值的储值卡，限制在一定的日期前使用完，并且每次乘坐不分乘坐里程长短一律2元或者3元。