由于潟湖地处海陆相交的地带，受河流和海洋的共同影响，在水文特征和沉积作用上都具有其特殊性。由于潟湖的水动力条件较弱，潟湖中的盐度很难保持稳定水平，会随气候和潮差规模而发生变化。例如在潮湿气候区，河水的注入可使潟湖淡化；在干旱区，由于蒸发作用又可使潟湖咸化。而且在不同的气候下，潟湖湖底的沉积物也存在差异，潮湿区潟湖的细粒沉积物富含有机质；干旱区的细粒沉积物则通常含有蒸发矿物，有机质含量很低。
水文条件和沉积物的供应是影响潟湖的沉积物和沉积构造的主要原因。举例来说，在靠近潮汐水道的地方，以砂质沉积物为主，发育流水波痕及沙纹交错层理。在小河的注入处，沉积又会出现三角洲的特征。广阔且水动力较弱的潟湖底为水平层状的粉砂和泥质沉积提供了良好的场所。此外，你还可能会发现细粒的沉积中会夹杂薄的砂岩，这些薄砂层多具水平纹层或者发育浪成波痕及浪成沙纹交错层理，它们可能是由风暴和风力作用、溢坝水流以及边缘砂体被波浪破坏而带来的。
潟湖作为一种特殊的湿地生态，不仅可以发挥其他湿地的生态价值功能，而且由于其特殊的性质还产生了其他的价值。首先，许多潟湖可以作为船舶的天然良港；其次，潟湖非常适合作为水产品养殖的产地。潟湖中潮差低，波浪受外围沙坝的影响传入湖内后变小，且潟湖海域中的营养成分较外海海域丰富，可以为鱼、虾等海洋生物提供更充足的营养和更稳定的生长环境；此外，潟湖还是重要的泥炭、煤、铁、盐、石油等资源的矿区。
潟湖生态系统依靠稳定的水文环境为基础，一旦水交换终止，其地貌特征便会发生根本性的转变，甚至导致生态系统的崩溃。因此，保持通畅的水流有利于潟湖内外泥沙和能量交换，保证潟湖的寿命。
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