自然资源部人力资源开发中心
自然资源部油气资源战略研究中心
自然资源部不动产登记中心
自然资源部宣传教育中心
中国自然资源经济研究院
中国国土勘测规划院
中国地图出版社有限公司
中国大地出版传媒集团有限公司
测绘出版社有限公司
自然资源部东海局
自然资源部东海局是自然资源部履行东海海区海洋自然资源工作的派出机构，承担东海海区海洋自然资源监督和管理工作。目前下属12家事业单位，分布在江苏、上海、浙江、福建4个省（市），主要从事东海海区海洋自然资源调查监测评价、海洋生态保护修复、观测预报等方面工作。
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四川测绘地理信息局
四川测绘地理信息局成立于1960年，系自然资源部派出机构，也是四川省测绘地理信息主管部门，负责四川省测绘地理信息统一监督管理工作。自然资源部第三大地测量队是四川测绘地理信息局所属事业单位，主要职责是承担国家基础测绘、全球地理信息资源建设及其他全国性、省级重大测绘地理信息项目的实施、国家现代测绘基准、测绘系统的建设与维护；自然资源调查监测工作、国土空间规划实施监测、地理国情监测工作；为自然资源和不动产统一确权登记、权籍调查、不动产测绘以及自然资源合理开发利用和保护、国土空间用途管制、耕地保护、生态修复、防灾减灾等工作提供测绘地理信息服务保障；测绘地理信息领域军民融合工作等。
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黑龙江测绘地理信息局
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自然资源部国土卫星遥感应用中心
自然资源部国土卫星遥感应用中心是自然资源部直属的正局级事业单位，主要负责自然资源陆地卫星遥感应用，为自然资源调查、监测、评价、监管、执法提供卫星遥感数据、信息及产品、技术和业务支撑。统筹协调海洋、林草卫星遥感应用需求。
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自然资源部重庆测绘院
自然资源部重庆测绘院是自然资源部直属的事业单位，地处重庆，主要从事国家基础测绘、全球地理信息资源建设、应急测绘以及其他全国性或重大测绘地理信息项目的实施；承担自然资源调查监测、地理国情监测等工作；承担自然资源多项工作的测绘地理信息技术支撑；承担国家基础测绘和重大测绘地理信息工程的成果质量检验工作；组织实施自然资源领域中的测绘科技工程、项目及创新能力建设，推动科技成果转化。
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中国大洋矿产资源研究开发协会（中国大洋事务管理局）
中国大洋矿产资源研究开发协会（中国大洋事务管理局）是自然资源部直属的正局级事业单位。主要职责是承办我国公海及国际海底区域的国际事务，参与相关国际组织活动，履行相应的国际公约与条约；负责拟订《中华人民共和国深海海底区域资源勘探开发法》配套法规；承办深海海底区域资源勘探开发许可具体管理事项；组织协调我国公海及国际海底区域活动，指导、协调有关单位参与公海及国际海底区域相关业务工作；组织开展公海及国际海底区域相关领域专业调查和资源勘探开发技术发展等工作。
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中国极地研究中心（中国极地研究所）
中国极地研究中心（中国极地研究所）成立于1989年，是我国唯一专门从事极地考察的科学研究和保障业务中心。
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自然资源部海洋咨询中心
自然资源部海洋咨询中心成立于2004年，是自然资源部所属公益一类事业单位。主要从事报国务院审批用海用岛的技术评审和重大项目用海用岛评估；海洋生态保护修复项目管理技术支撑工作；海域海岛使用论证、评审质量保障技术支撑；海洋工程标准研制、调查统计及监测评估工作。
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自然资源部海洋减灾中心
自然资源部海洋减灾中心是自然资源部直属的正局级事业单位，主要职能是从事海洋防灾减灾、海洋生态预警监测和生态保护修复工作，为自然资源资产管理、国土空间规划与用途管制、生态保护修复及公益服务提供支撑和保障。
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国家基础地理信息中心
国家基础地理信息中心为自然资源部直属公益二类事业单位，主要职责是：承担全国基础测绘和重大测绘工程的规划设计与组织实施；负责国家大地基准和国家基础地理信息系统建设、维护与更新；承担全球地理信息资源建设与开发工作；承担自然资源专项调查监测工作；负责地理信息公共服务平台建设与维护；承担应急测绘保障服务工作；负责管理分发全国测绘成果和档案资料等。
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国家海洋信息中心
国家海洋信息中心是自然资源部直属事业单位，成立于1958年，坐落于天津市河东区，主要职能是管理国家海洋信息资源，承担部网络安全和信息化领导小组办公室相关工作，指导、协调各级海洋信息化建设，为自然资源管理、海洋经济、海洋安全与权益维护、海洋公益服务等提供业务保障、技术支撑与信息服务。
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国家海洋标准计量中心
国家海洋标准计量中心成立于1989年，坐落于天津市南开区，是自然资源部直属的正局级事业单位，同时接受国家市场监督管理总局业务指导，主要职能是承担全国海洋标准化、计量、质量技术监督技术支撑工作，为自然资源管理、履行全民所有自然资源资产所有者职责和所有国土空间用途管制职责、建设海洋强国提供质量基础技术支撑和保障。
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国家海洋环境预报中心
国家海洋环境预报中心是自然资源部直属的事业单位，主要负责我国近海、大洋、极区海洋环境预报、海洋灾害预报和警报的发布及业务管理，为海洋经济发展、海洋管理、国防建设、海洋防灾减灾等提供服务和技术支撑。
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自然资源部国土空间规划研究中心
自然资源部国土空间规划研究中心是自然资源部直属公益二类事业单位，主要承担有关国土空间规划的技术审查与咨询服务，国土空间规划编制和实施管理的技术支撑，国土空间规划和用途管制的重大问题和基础研究，相关技术标准规范的研制与评估，以及支撑国土空间规划行业管理等工作。
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自然资源部海洋发展战略研究所
自然资源部海洋发展战略研究所是自然资源部直属事业单位，主要职能是开展我国海洋发展战略、方针、政策和法规的研究。
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国家海洋技术中心
国家海洋技术中心创建于1965年，是隶属于自然资源部的公益一类事业单位。主要职责是为国家海洋观测监测调查、海洋能产业发展、海洋环境保障提供技术支撑，同时承担我国海洋领域基础性、前沿和关键共性技术创新。中心设有硕士学位授予点和博士后科研工作站。
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自然资源部第三海洋研究所
自然资源部第三海洋研究所（简称海洋三所）创建于1959年,是自然资源部直属的国家公益一类综合型海洋科学研究机构，主要从事海洋基础研究、应用研究和高新技术研究，促进海洋科技进步，为海洋管理、公益服务、海洋经济发展及海洋安全提供科技支撑。
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自然资源部中央地质勘查基金管理中心
自然资源部中央地质勘查基金管理中心是自然资源部直属的公益一类事业单位。主要从事中央地质勘查基金的组织实施及日常管理，投资重要矿产的前期勘查，承担矿产地储备具体工作，拉动社会资金投入，为促进找矿突破、提高国家资源保障能力提供支撑。
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自然资源部信息中心
自然资源部信息中心是自然资源部直属的正局级事业单位，主要承担部网络安全和信息化领导小组办公室工作，负责部信息化建设与应用服务，开展自然资源信息分析与综合研究，承担部政务服务相关工作，为自然资源管理和社会化服务提供信息技术、大数据应用和辅助决策支持。
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自然资源部机关服务局
自然资源部机关服务局是自然资源部直属正局级事业单位, 主要负责部机关及在京有关单位的后勤服务保障工作，并承担部委托的房地产管理、资产管理、综治维稳、安全生产、政府采购、节能减排、集体户口管理等工作。
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中国地质博物馆
中国地质博物馆是自然资源部直属事业单位，始建于1916年，是中国人创办的第一家公立自然科学博物馆。以“典藏立馆、科普兴馆、科研强馆”为发展理念，不仅在地质科学研究、地质标本典藏和陈列展览、地学知识宣传和普及等方面有所突破和发展，而且作为自然资源文化建设的“主阵地”和对外交流与形象展示的“大窗口”，始终秉持初心使命，砥砺前行，继往开来。
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中国自然资源报社
中国自然资源报社是自然资源部直属事业单位，主要承担自然资源系统新闻宣传报道工作，负责建设自然资源部融媒体中心、维护“自然资源部”政务新媒体，主办《中国自然资源报》《自然资源通讯》《中国土地》《中国不动产》等报刊和“i自然全媒体”系列新媒体及网站。
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自然资源部人力资源开发中心
自然资源部人力资源开发中心成立于1989年8月，为自然资源部直属的正局级事业单位，主要服务支撑自然资源干部队伍和人才队伍建设，开展自然资源干部教育培训、干部人事管理研究、人才队伍建设服务研究、技能人才建设研究、自然资源高等教育、职业教育和相关专业学科建设等工作，组织实施自然资源部定点帮扶，组织开展自然资源节约集约示范县（市）创建，承担自然资源部国际合作业务基础性支撑工作等。
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自然资源部油气资源战略研究中心
自然资源部油气资源战略研究中心是自然资源部承担油气等能源矿产保障研究和矿产资源行政管理支撑的直属正局级事业单位。
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自然资源部不动产登记中心
自然资源部不动产登记中心（自然资源部法律事务中心）是自然资源部直属的正局级事业单位，承担自然资源和不动产统一确权登记、自然资源法治建设、自然资源和不动产市场监测分析、自然资源执法事务等支撑工作和自然资源部法治研究重点实验室建设工作。
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自然资源部宣传教育中心
自然资源部宣传教育中心是自然资源部直属事业单位，主要任务是宣传党和国家关于生态文明和自然资源工作的方针政策和决策部署，参与拟订自然资源宣传教育工作规划和标准规范，围绕自然资源部“两统一”职责, 协助编制宣传方案并组织实施等。
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中国自然资源经济研究院
中国自然资源经济研究院是自然资源部直属事业单位，主要任务是开展资源战略、资源规划、资源资产与权益、资源利用与保护、生态修复、资源标准、地质勘查行业和矿产资源管理等方面的基础和应用研究，为自然资源管理提供基础业务支撑和决策咨询服务。
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中国国土勘测规划院
中国国土勘测规划院（原中国土地勘测规划院）成立于1987年，是自然资源部直属的公益一类事业单位，主要任务是为自然资源调查监测、国土空间规划等自然资源管理决策提供技术支持和技术保障。
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中国地图出版社有限公司
中国地图出版社有限公司成立于1954年，是自然资源部直属大型中央文化企业，经过69年的经营发展及专业积淀，已成为国家法定地图的权威出版机构、国内地图出版的龙头企业。
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中国大地出版传媒集团有限公司
中国大地出版传媒集团有限公司是自然资源部主管主办、财政部代表国务院出资的中央文化企业，由中国大地出版社、地质出版社为核心企业组建而成。主要业务涉及图书出版、数字出版、影视动漫、科普产业、研学旅游、文化创意等领域，现拥有图书、音像、电子、互联网出版资质，是全国甲级测绘资质单位，国家自然资源科普基地。
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测绘出版社有限公司
测绘出版社有限公司成立于1956年，隶属于中国地图出版社有限公司。现主要从事测绘书刊、高等测绘教材、职业技能培训教材与科普图书出版，为推动测绘地理信息科技进步、促进科技成果转化、普及测绘科学知识、扩大测绘影响力等方面发挥了重要作用。