雨花石品种繁多，也有很多不同的分类方式。或根据颜色、花纹、形态、石质等分类，或根据人物、动物、风景、花草进行分类。
根据雨花石原岩岩性和矿物成分，可以把雨花石分成10类。第一类为玛瑙、玉髓类，该类为雨花石中的上品，也就是市场上所谓的“细石”；其它九类为市场上的“粗石”，分别是蛋白石类、碧玉岩类、燧石类、石英岩类、水晶类、构造岩类、砾岩类、化石类、其它岩类。
玛瑙、玉髓类
玛瑙、玉髓类雨花石是雨花石的主体，常被称为“水石”、“细石”、“活石”，晶莹剔透、纹彩奇特。其自然花纹呈现出山水、人物、鱼虫、树花等。
蛋白石类
蛋白石类雨花石在玩赏过程中最注重的是“韵”，即它所特有的颜色的过渡，民间亦称之为“游色”。颜色由浓至淡慢慢润开，几乎找不到浓淡以及色与色之间的分界线。该类雨花石的颜色也非常丰富，常见青、白、黄系列，少见红、蓝、紫、绿、黑。但无论何种颜色都不能干涩，且应质地细腻、完整无裂、多种颜色同居一石者为佳。
碧玉岩类
碧玉岩类雨花石常呈不透明、单色，如棕红、墨绿等，常被称为“粗石”，但也有因次生杂质或微细脉贯入构成古典花纹者而成珍品。
燧石类
燧石类雨花石的表面常有甲痕，一般呈褐、黄、黑单色。黑白、黑黄、黑白相间条带构成美丽花纹者可成为珍品。
石英岩类
石英岩类雨花石多为半透明的单色白或单色黄，有隐现的粒状结构，常因含云母、辉石、绿泥石、绿帘石等杂质而构成美丽的花纹图案。
脉石英、水晶类
脉石英、水晶类雨花石常为单色白或无色透明，因含原生杂质、内含物、结晶缺陷等构成鱼虫花卉图形而成珍品。此时的水晶并非如矿物晶体标本般的单晶体，而是很多小颗粒聚集而成簇状、分布于雨花石内的颗粒群。
构造岩类
构造岩类雨花石一般表现为瑞雪、海涛和大漠景观的纹理图案，让人不得不赞叹大自然造物的鬼斧神工。
砾岩类
砾岩类雨花石就是由砾岩中的砾石构成，由于地质活动的关系，形成了密集型的蟒皮、鱼鳞状的自然纹理。
化石类
南京雨花台砾石层的砾石，来自不同的地域和不同地质年代，其中也有化石。多年来雨花石砾石层中发现的化石既有单纯的化石，也有经搬运磨圆而形成雨花石的化石。雨花石中的化石较少，可形成图案者，其保存和科学研究价值远胜过其观赏价值。
其它岩类
除了以上九种雨花石，其它成因类似、石质坚硬并具美丽图案的小卵石均可纳入雨花石范畴。如一些坚硬的花岗岩、变质岩、泥岩等，在经过漫长的物理和化学作用后，形成圆润光滑、色纹奇特的雨花石。奇巧瑰丽者，并不次于雨花细石，可汲水埋盘欣赏，又或迎光透影观察等，都别具风格，颇值收藏。