国土空间分区作为国土空间规划编制和自然资源统一管理的基础，对整个规划体系具有重要的支撑作用。在统一的国土空间规划体系下，用海分区既有其独立性与特殊性，也面临着陆海统筹、生态文明建设、海洋高质量发展等政策提出的新要求。文章系统梳理了1983年以来海洋功能分区体系4次演变历程，结合国土空间规划改革对分区体系的内在需求，指出海洋功能分区体系存在未覆盖海域全域，分区层级的尺度、分工、内容和结构与国土空间规划的要求不一致，分区方案未考虑用途管制的需求，以及陆海统筹不足等问题。
通过分析海洋功能分区的纵向演变历程，结合国土空间规划改革对分区体系的内在需求，发现现行海洋功能分区体系还存在以下问题。
从层级尺度来看，国土空间规划要求分国家、省、市、县、乡镇五级，而海洋功能区划只分国家、省、市县三级。这与行政管理体系有一定的关系，以往海洋行政主管部门的最低层级为县级，没有乡镇海洋行政主管部门，海域勘界也只到县级，因此没有乡镇级海洋功能区划。在进一步的行政管理体系改革之前，这个差异将长期存在。
从层级结构来看，海洋功能分区的一级分区和二级分区不存在严格的包含与被包含关系，大部分二级分区其实是一级分区的细分类型，而不是区域组成部分。如海洋保护区可细分为海洋自然保护区和海洋特别保护区两种类型，但在同一个海洋保护区内一般不存在海洋自然保护区和海洋特别保护区两个二级分区。对于存在包含关系的港口航运区，在划分二级区时也存在逻辑问题。区划实践中往往先划出航道区和锚地区，余下的空间全部划分为港口区。这样划出的港口区并不是每个区域都符合港口区的划区指标。分区层级结构的不统一也是导致本轮市县级海洋功能区划未取得实效的原因。
海洋与陆域一部分功能区有对应性，在以往的规划中海陆单独划区，造成了功能区的重复、交叉和矛盾。如海洋的城镇用海区、农业围垦区分别与陆域的城镇功能区和农业功能区重复。海洋生态红线区与陆域生态红线区采用不同的分区标准，一方面导致了生态系统的人为割裂，如海岸线两侧生态功能定位的突变，另一方面也导致了红线管制体系的矛盾。
以海/地域功能的空间分异为依据进行划区，其分区类别往往较多，且与社会经济发展水平和需求密切相关。除海洋功能区划外，土地利用规划和城乡规划也采用了这种分区。但与海洋功能区划将功能分区作为用途管制的直接依据不同，土地利用规划和城乡规划更多地以管制分区和详细规划的用途分类作为用途管制的依据，功能分区主要发挥引导土地利用和指导详细规划编制的作用。
在市县级尺度，综合考虑区域开发保护的具体方向和用途管制的需求，建立融合功能与管制于一体的利用分区。以海洋资源作为连接点，建立功能与管制的对应矩阵。其基本逻辑是：海洋资源是提供海洋功能的物质基础，也是海洋利用行为的客体和对象，用途管制的重要内容就是管控各种利用行为对海洋资源的占用和影响。例如，渔港利用的是深水岸线资源提供的交通运输功能，对其开展用途管制的实质是管控港口建设对深水岸线资源的利用强度和对生态环境影响程度。因此，从功能的角度，渔港兼具渔业和交通运输的功能，但是叠加用途管制的需求后，渔港应划为港口航运区。具体对应关系如表2所示，其中，海洋资源采用GB/T19834—2005《海洋学术语海洋资源学》的分类，利用行为采用开发、保留、保护的三分法。
在生态、农业、城镇空间的大框架下对海陆分区重新统筹归类。如海洋保护区应与陆域保护区统一划入生态空间分区；海洋的城乡用海区和农林牧业用海区分别纳入城镇空间分区和农业空间分区；海岸带地区，部分海洋功能需依托陆域开展或与陆域有联动性，如“港口航运区”“旅游休闲娱乐区”“海洋保护区”等，对于这些分区，建议打破海岸线的界限，将海洋与相邻的依托陆域联合划区，并在分区管制要求中分别针对海域和陆域使用提出针对性措施。此外，海洋的“旅游休闲娱乐区”“矿产与能源区”和陆域的“风景旅游用地区”“独立工矿区”可进一步探索在统一功能区内涵和管制要求的基础上，统一命名。
全国和省级国土空间规划划定主体功能区，在充分考虑海洋空间支撑城镇化和产业发展、保障海产品供应、发挥海洋生态功能等方面的主体功能定位的基础上，统筹海陆主体功能，将各县域分为城市化发展区、农产品主产区和重点生态功能区，并建立海洋产业保障区名录、无居民海岛保护与利用名录和海洋自然保护地名录。