颤藻目（学名：Oscillatoriales），为一类原核生物，归于蓝菌门（Cyanophyta）蓝菌纲（Cyanobacteria）。
下属科：
博氏藻科（Borziaceae）
束鞘藻科（Coleofasciculaceae）
蓝藻科（Cyanothecaceae）
戈芒藻科（Gomontiellaceae）
须藻科（Homoeotrichaceae）
微鞘藻科（Microcoleaceae）
颤藻科（Oscillatoriaceae）
席藻科（Phormidiaceae）
微鞘藻亚科（Microcoleoideae）
席藻亚科（Phormidioideae）
伪鱼腥藻科（Pseudanabaenaceae）
伪项圈藻亚科（Pseudanabaenoideae）
裂须藻科（Schizotrichaceae）
1.博氏藻科
博氏藻科（学名：Borziaceae）为颤藻目的一个科。此科的模式属为博氏藻属(Borzia)。
博氏藻属（学名：Borzia）为博氏藻科的一个属。本属的模式种为三胞博氏藻（Borzia trilocularis）。
柯孟藻属（学名：Komvophoron）为博氏藻科的一个属。此属的模式种为(Komvophoron schmidlei)。
2.束鞘藻科
束鞘藻科（学名：Coleofasciculaceae）为颤藻目的一个科。此目的模式属为束鞘藻属(Coleofasciculus)。
束鞘藻属（学名：Coleofasciculus）为束鞘藻科的一个目。此属的模式种为Coleofasciculus chthonoplastes。
盖丝藻属（学名：Geitlerinema）为束鞘藻科的一个属。此目的模式属为Geitlerinema splendidum。
3.蓝藻科
蓝藻科（学名：Cyanothecaceae）为颤藻目的一个科。此科的模式属为蓝藻属(Cyanothece)。
4.戈芒藻科
戈芒藻科（学名：Gomontiellaceae）为颤藻目的一科细菌。此科的模式属为戈芒藻属(Gomontiella)。
戈芒藻属（学名：Gomontiella）为戈芒藻科的一个属。该属的模式种为管状戈芒蓝细菌（Gomontiella subtubulosa）。
发毛针蓝细菌属（学名：Crinalium）为戈芒藻科的一属细菌。该属的模式种为Crinalium endophyticum。
5.须藻科
须藻科（学名：Homoeotrichaceae）为颤藻目的一个科。此科的模式属为须藻属 (Homoeothrix)。
须藻属（学名：Homoeothrix），也称须蓝细菌属、同丝藻属，为须藻科的一个属。
6.微鞘藻科
微鞘藻科（学名：Microcoleaceae）为颤藻目的一个科。此科的模式属为微鞘藻属(Microcoleus)。
水鞘藻属（学名：Hydrocoleum）为微鞘藻科的一个属。此属的模式种为林比水鞘藻(Hydrocoleum lyngbyaceum)。
微鞘藻属（学名：Microcoleus）也称微鞘蓝细菌属，为微鞘藻科的一个属。此科的模式种为具鞘微鞘藻(Microcoleus vaginatus)。
链鞘藻属（学名：Sirocoleum）也称链鞘丝藻属，为微鞘藻科的一个属。本属的模式种为库氏束丝藻（Sirocoleum kurzii）。
节螺藻属（学名：Arthrospira）是一种可自由浮动的蓝绿藻。节螺藻是一种多细胞生物，有着开放左旋圆柱形的外貌。节螺藻属在热带和亚热带天然存在，只见于pH值高和高浓度（> 30g/L）碳酸盐和碳酸氢盐的湖泊里。
紫管藻属（学名：Porphyrosiphon）为微鞘藻科的一个属。此属的模式种为紫管藻(Porphyrosiphon notarisii)。
束藻属（学名：Symploca）为微鞘藻科的一个目。此目的模式属为藓状束藻(Symploca hydnoides)。
7.颤藻科
颤藻科（学名：Oscillatoriaceae）为颤藻目的一个科。此科的模式属为颤藻属(Oscillatoria)。
本科的特点：藻体由单条或多条藻丝组成，胶鞘不明显或无；无异形胞。
（1）鞘丝藻属
鞘丝藻属（学名：Lyngbya）为颤藻科的一个属。此属的模式种为丝状鞘丝藻(Lyngbya confervoides)。
（2）颤藻属
颤藻属（学名：Oscillatoria）为颤藻科的一个属。此目的模式属为巨颤藻(Oscillatoria princeps)。
颤藻属是蓝绿藻的一属，常见于各种淡水环境，包括温泉。丝状体不分枝，单生或交织成片，会作节律性颤动，故名。颤动是由于分泌的胶质将丝体推向反向而发生的。裂殖生殖，双凹形的死细胞（分离盘）将丝体分成若干个段殖体。无胶质鞘或有而很薄。
形态特征：藻体单一不分枝，直走或弯曲；或许多藻丝互相交织而形成片状、束状或皮革状的蓝绿色团块。藻丝外表无胶鞘。藻丝端部细胞往往逐渐狭小而变尖细，有的弯曲如钩，或作螺旋状转向；有的其游离端处的壁增厚而成一帽状体。一般细胞为短圆柱形，细胞的内容物一般为灰蓝或深蓝绿色，有些种有伪空胞。以藻殖段繁殖。
分布范围：本属约有100种。颤藻属的藻丝，能沿其长轴作滚转或匍匐的运动。称为滑溜运动。颤藻是蓝藻门中分布最广的属之一。能在各种生境中繁生；在淡水水体如井边、厨房外自来水龙头下、猪牛等厩外的潮湿土表、岩石上、稻田、沟渠、池塘、湖泊、沼泽、溪河以及海边都可发现。繁殖旺盛时往往产生难闻的气味，导致水体污染，不适于饮用。
危害：颤藻生长在富含有机质的水体中，夏秋季节过量繁殖，在水表形成的一层有腥味的浮沫，即水华(Water bloom)，反映水体富营养化，并加剧水质污染，因大量消耗水中的氧，造成鱼虾缺氧死亡。主要为颤藻属等。
（3）织线藻属
织线藻属（学名：Plectonema）为颤藻科的一个属。此属的模式种为托马织线藻(Plectonema tomasinianum)。
（4）束毛藻属
束毛藻属（学名：Trichodesmium）为颤藻科的一个属。此属的模式种为红海束毛藻(Trichodesmium erythraeum)。
8.席藻科
席藻科（学名：Phormidiaceae）为颤藻目的一个目。此目的模式属为席藻属(Phormidium)。
藻丝单生，能动，或呈蛰状；无鞘或暂时存在，薄或坚硬，顶端开放，鞘内具一条或多条藻丝；几个属有伪分枝；除顶端细胞外其他细胞均能进行细胞分裂；具气囊或缺乏；繁殖以藻丝断裂形成能动的藻殖段或不动的藻殖囊进行。
下级：
微鞘藻亚科（Microcoleoideae）
席藻亚科（Phormidioideae）
（1）胶鞘藻属（席藻属）
胶鞘藻属（学名：Phormidium）也称席藻属，为席藻科的一个属。此属的模式属为浅黄席藻(Phormidium lucidum)。
（2）浮丝藻属
浮丝藻属（Planktothrix），又名浮游蓝丝藻属，席藻亚科，是一种丝状蓝藻。本属的模式种是阿氏浮丝藻（Planktothrix agardhii）。与其他颤藻目的物种一样，浮丝藻属的物种没有异型细胞与厚壁孢子，其独特之处在于其浮游植物特性、毛状体单生、具有气囊结构。在须田彰一郎等人发表成果之前，本属部分物种被归入颤藻属。
造成绿色水华的阿氏浮丝藻与形成红潮的红色浮丝藻在北半球的湖泊很常见，会产生强烈的肝毒素，称为微囊藻毒素。微囊藻毒素为饮用水污染的来源之一，对肝有害，而且对热的抗性高，甚至以活性碳吸附、加入氯或臭氧消毒也无法完全消除。
9.伪鱼腥藻科
伪鱼腥藻科（学名：Pseudanabaenaceae）为颤藻目的一个科。此科的模式属为伪鱼腥藻属(Pseudanabaena)。
伪鱼腥藻（Pseudoanabaenasp.），又名假鱼腥藻，是一种丝状蓝藻，细胞长大于宽, 圆柱形, 宽约 0.5—0.8 µm,原生质体均匀, 不具气囊。
该蓝藻丝体多由 3—6个细胞构成, 直或稍有弯曲, 不具胶鞘, 细胞横壁处有收缢或不明显.是热带、亚热带水库常见的浮游植物富营养化代表种类，常见于淡水鱼虾池、水库、河流和湖泊中，属有毒水华藻种，如在美国的卡斯泰克湖中, 伪鱼腥藻能产生霉味的2-methylisoborneol (MIB)，因此，严重威胁水源地供水安全，但国内外对该藻的研究较少。
伪鱼腥藻是淡水蓝藻水华爆发时的常见藻种。它常与铜绿微囊藻一起在富营养水体中形成水华. 它也常做为微囊藻的伴生种, 被微囊藻的胶鞘多糖所包被, 以由于其细胞体积小, 因此, 经常较难发现. 只有在群体微囊藻分散成单细胞时, 才较易被发现.
（1）原绿丝蓝细菌属
原绿丝蓝细菌属（学名：Prochlorothrix）为伪鱼腥藻科的一个属。该属的模式种为荷兰原绿丝蓝细菌（Prochlorothrix hollandica）。
（2）伪鱼腥藻属
伪鱼腥藻属（学名：Pseudanabaena）也称假鱼腥蓝细菌属，为伪鱼腥藻科的一个属。此属的模式种为串珠假鱼腥蓝细菌(Pseudanabaena catenata)。
10.裂须藻科
裂须藻科（学名：Schizotrichaceae）为颤藻目的一个科。此科的模式属为裂须藻属(Schizothrix)。
裂须藻属（学名：Schizothrix ）为裂须藻科的一个属。此属的模式种为紫色裂须藻(Sphingobacterium)。
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