目前，大禹治水以黄河流域为核心的传统史观遭遇考古学历史学气候学三重挑战。只有具有得天独厚地理（避难）环境的蜀地宝墩文化三星堆文明在4.2千年事件（4.2 ka BP Event）后的三百年间得以继续发展壮大和扩张，蜀地出生的大禹蜀地治水才符合科学和逻辑。
4.2千年事件（4.2 ka BP Event） 是发生在约公元前2200年左右（距今4200年左右，因纬度地理位置可能有先后差异）的全球性气候突变，被广泛记录于冰芯、湖泊沉积和石笋数据中。中国表现为季风减弱导致的干旱化，如青海湖沉积物δ¹⁸O值骤变、中原地区孢粉分析显示乔木减少。当时发生多区域文明断层，超越长江流域中下游的全局性（蜀地避难所除外）危机。这一事件与黄河流域龙山文化和长江中下游石家河文化（约4600-4000 BP）良渚文明（约5300-4300 BP）等的衰落时间高度重合。
黄河流域的龙山文化晚期崩溃（4300-4000 BP），山东两城镇、日照尧王城等核心聚落规模在4200 BP后急剧萎缩，陶器质量下降（薄胎黑陶减少）、城址防御工事废弃。中原腹地的陶寺遗址（4300-3900 BP）出现暴力摧毁迹象（如城墙缺口处堆积人骨），暗示社会冲突加剧。龙山文化（4600-4000 BP）与二里头文化（3800-3500 BP）之间存在约300年断档期，即使是考古学家试图为这一断档打上补丁找到的新砦遗址和王湾文化遗址等遗存稀少，规模极小，（文物）档次极低，反映社会组织瓦解。
长江中下游流域也出现考古文化断层 ，良渚文明末期（约4200 BP）出现巨型水利系统废弃、高等级墓葬消失、玉器制作技术断代等现象。石家河文化晚期（4100BP）遗址大规模废弃，农业聚落向高地迁移，反映水资源短缺。
然而蜀地考古文化文明却表现出明显的连续性，宝墩文化（4500-3700 BP），成都平原发现8座距今四五千年的史前有城墙的古城遗址（如郫县古城、双河古城），城墙采用斜坡堆筑法应对洪水，延续至3700 BP未出现断层。三星堆一期（4800-4000 BP）月亮湾遗址出土的泥质灰陶与宝墩文化一脉相承，青铜神树铸造技术（4000 BP后）显示本地技术迭代而非外来替代。
20世纪90年代以来，为探寻三星堆文化的源流，考古工作者在成都平原进行了大规模的考古调查和发掘，先后发现了新津宝墩、都江堰芒城、崇州双河和紫竹、郫县古城、温江鱼凫、大邑高山等8座距今四五千年的具有古城性质的新石器时代古城遗址。这些古城都有高大的城墙，有的还有大型建筑基址，生产工具主要是石器，也有极少量的玉器，制陶业发达，陶器组合为绳纹花边陶、敞口圈足尊、喇叭口高领罐、宽沿平地尊等。因宝墩遗址最具代表性，故其统一命名为“宝墩文化”。对这8座古城的发掘与研究证明：它们与三星堆遗址的第一期属于同期文化，它不仅大大丰富了三星堆一期的文化内涵，能够再细分为若干期，并且可与以三星堆古城为代表的夏商时期的三星堆文化相衔接。
而四川盆地的“避难所”效应在那个对于其他地区是巨大灾难的时期发挥起巨大的文明避难作用。四川盆地年均温度变化幅度较中原小2-3℃（秦岭阻挡北方寒潮），降水受印度季风与东亚季风双重影响，在4.2 ka事件中仍保持800-1000 mm年降水量（现代数据类比）。成都平原网状水系（岷江、沱江）与冲积扇地形，使宝墩文化发展出分流灌溉系统（如芒城遗址水沟），规避了大河流域的洪旱极端化。
《尚书》是中国最早的官方历史文献之一，其中《尚书·尧典》篇详细记载了大禹治水的功绩：“汤汤洪水方割，荡荡怀山襄陵，浩浩滔天。”该记载详细描述了洪水泛滥的情形，包围山陵淹没大地导致鲧和大禹父子长达数十年的洪水治理。
但气象科学绝不会支持降雨导致几十年大洪水的假说，就算黄河决堤中原也不可能发生这样范围广、持续时间如此长（数十年）的洪水。再说黄河流域在夏朝之前发生长时期（数十年）大洪水人工治水的经济性（效费比）几乎为零，那时地广人稀搬走就得了干嘛吃力不讨好去治理，这个上古生存逻辑与目前的人口经济下的逻辑不同。
气候与洪水规模的科学分析，“4.2千年事件”具有双重性，全球冷干化背景下黄河流域整体降水减少，但 极端降水事件频率增加（如短时暴雨引发山洪）；黄河流域地势平坦，河流（如黄河、洛河）在暴雨季易泛滥，但洪水范围限于低洼地带，未达到“怀山襄陵”的全域淹没；地质沉积显示洪水层与正常沉积交替，表明洪水是多次短期事件，而非持续数十年。
如果仍然坚持大禹治水在黄河流域，那他治水治了个寂寞把黄河流域当时的龙山文化几乎都治凋零治没了？因此，只有蜀地出生的大禹蜀地治水才符合基本逻辑和科学。
而四川盆地西缘的龙门山断裂带为强震高发区，地震可能引发山体滑坡堵塞岷江、嘉陵江等河流，形成堰塞湖（如现代唐家山堰塞湖案例）。四川盆地封闭地形、狭窄外流水道（三峡）符合长期积水条件。若三峡因滑坡形成堰塞坝，盆地内水位上涨可淹没大片区域。地质证据显示，三峡地区岩层破碎，易发生滑坡。现代险滩（如青滩）可能是古堰塞坝遗迹。人工开凿溢流槽结合江水冲刷，可逐步消解堰塞体。 关于涂山位置，传统说法多指向东部低地（如蚌埠），但重庆长江与嘉陵江交汇处的涂山更符合治水地理逻辑，此处为西部氏族与东部堰塞坝间的战略要地。《山海经》《尚书》《诗经》等记载大禹“导山通泽”，与地质条件吻合。 传说细节（如“三过家门不入”）可能反映氏族协作与长期工程的特征。三峡滑坡痕迹、堰塞湖形成机制支持大禹疏导的可能性。长江三峡西陵峡滩多水急，其中泄滩，青滩（现名新滩）和崆岭滩是自古以来著名的三大险滩，卫星图像显示多地存在古滑坡证据，堰塞坝高度可达400米以上。