祁连山脉水系的分布特点主要呈现出辐射-格状分布。其辐射中心位于北纬38°20′，东经99°附近的“五河之源”，即托来河（北大河）和布哈河的源头。从这一中心出发，水系向四周辐射，形成了复杂而广泛的水网。
具体来说，祁连山脉的水系可以分为内外流域。沿毛毛山一线，再沿大通山至青海南山东段一线为内外流域分界线。
此线东南侧的黄河支流，如庄浪河、大通河等，属于外流水系，最终汇入黄河；而西北侧的黑河、托来河、疏勒河、党河等，则属于河西走廊内陆水系；此外，还有哈尔腾河、鱼卡河、塔塔棱河、阿让郭勒河等属于柴达木的内陆水系；哈拉湖则是独立的内陆水系。
祁连山海拔4000米以上的区域冰川广布，这些冰川在夏季融化，提供稳定的水源，形成多条河流。祁连山拥有2683条冰川，总面积约2062平方公里，年均径流量为138.05亿立方米。
地理位置
狭义的祁连山，特指其北端最为挺拔的一支山岭，而广义范畴下的祁连山脉，则是一幅波澜壮阔的自然画卷，由一系列自西北向东南蜿蜒伸展的平行山脉与宽广的山谷交织而成，构成了一个宏大的山脉体系。
此山脉体系南界紧依青海柴达木盆地的北缘，北邻甘肃的河西走廊，东接黄河谷地的辽阔地带，西端则傲然屹立于当金山口，与阿尔金山脉遥相呼应，连绵不绝。祁连山脉东西跨度辽阔，绵延约800公里之遥，南北宽度亦相当可观，介于200至400公里之间，其广袤的地域覆盖了青海省与甘肃省的众多区域，展现出非凡的自然地理风貌。
祁连山属于大陆性高寒半湿润山地气候，冬季长而寒冷干燥，夏季短而温凉湿润。由于高海拔的影响，祁连山的春季和夏季特征并不像低海拔地区那样明显，有“春不像春，夏不像夏”的说法。
全年降水量主要集中在夏季的5月至9月期间。随着海拔的升高，气温逐渐降低，而降水量则逐渐增加。祁连山的山体中上部年均降水量为400-500毫米。
祁连山区降水较多
祁连山区降水较多，山地东部气候相对湿润，而西部则较为干燥。随着海拔的升高，气候呈现明显的垂直变化，形成山地垂直气候带。从高山冻原到森林、灌丛、草原、荒漠，各具特色。
山前低山区域属于荒漠气候，这一带位于较低海拔区域，主要分布在2000米以下的地区。年平均温度约为6°C，年降水量大约在150毫米左右，主要植被是荒漠草原。
由山前往上爬，祁连山的较低海拔区域属于半干旱草原，年平均温度在2°C到5°C之间，年降水量增加到250到300毫米。
继续往上，祁连山的中海拔地区转为半湿润森林草原，在这一带，可以看到森林与草原相互交织的景观，形成了独特的镶嵌式分布格局。年平均温度下降到0°C到1°C，年降水量进一步增加至400到500毫米。
祁连山的亚高山和高山区域属于寒冷湿润气候，年平均温度约为**-5°C，年降水量可以达到800毫米**左右。
祁连山是“伸向荒漠的湿岛”
祁连山是“伸向荒漠的湿岛”。祁连山矗立于青藏高原东北缘，其高原大陆性气候年均温仅1℃，使其成为干旱半干旱区中的“湿岛”。高耸山脉拦截水汽，孕育冰雪，构建生态屏障。此屏障虽阻挡季风深入西部，却在山区催生丰沛降水，局部堪比东部沿海。
祁连山东侧受季风惠泽，年降水量显著高于西侧，门源可达519毫米，向西递减至肃北约150毫米。冰雪积累成冰川，被誉为“天然固体水库”。地形雨效应显著，降水随海拔先增后减，呈“S”型分布，峰值集中于1800～2800米间。
祁连山的冰雪融水在河西走廊腹地形成了石羊河、黑河和疏勒河三大内陆水系，蕴藏着**河西走廊80%**的水资源
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