编码区其实是断裂基因结构，也就是不连续基因。具有蛋白编码功能的不连续 DNA 序列称为外显子，外显子之间的非编码序列为内含子。每个外显子和内含子接头区都有一段高度保守的一致序列，即内含子5’末端大多数是 GT 开始，3’末端大多是 AG 结束，称为 GT-AG 法则，是普遍存在于真核基因中 RNA 剪接的识别信号。
第一个外显子首端 和 最后一个外显子末端，分别为翻译蛋白的起始密码子 和 终止密码子。
首位和末位外显子两侧的区域为非编码区，也可以叫做侧翼序列，侧翼序列中包含一些调控元件，比如启动子、终止子，还可能有增强子。
上游侧翼序列包含启动子区域，启动子区域包含：
增强子可位于转录起始位点上游或下游，一般在5’端转录起始位点上游约100个核苷酸以外的位置，它不能启动一个基因的转录，但有增强转录的作用。
沉默子：抑制转录
终止子：AATAAA 序列和其下游的反向重复序列。终止子区域包含：
从转录起始位点到终止位点转录出来的 RNA 便是前体 RNA 分子，经过内含子的剪切，以及5 ‘加帽子结构和3‘加 PolyA 的修饰，形成成熟的 mRNA。
5’UTR 和 3‘UTR，5’端帽子结构与起始密码子之间的区域，3’的 polyA 和终止密码子之间区域，不编码蛋白质。miRNA 经常结合于 3‘UTR，从而引起 mRNA 降解。mRNA 的5’端帽子结构是 mRNA 翻译起始的必要结构，对核糖体识别 mRNA 提供了信号，协助核糖体与 mRNA 结合，使翻译从 AUG 开始。帽子结构可增加 mRNA 的稳定性，保护 mRNA 免遭 5’→3‘ 核酸外切酶的攻击。
1、编码区：从起始密码子AUG开始，经过一连串编码氨基酸的密码子直至终止密码子的碱基序列；
2、5’端上游非编码区（5’UTR）：位于ATG之前不编码的碱基序列；
3、3’端下游非编码区（3’UTR）：位于终止密码子之后不翻译的区域。
4、单顺反子mRNA：只编码一个蛋白的mRNA；
5、多顺反子mRNA：编码多个蛋白质的mRNA；
帽子结构的功能
1、有助于mRNA越过核膜，进入胞质；
2、保护5’端不被核膜降解；
3、翻译时供IFiii和核糖体识别，是翻译所必须的；而原核生物是通过起始密码子AUG上游的一段SD序列的保守区与核糖体结合
多聚A尾的功能
1、是mRNA由核内进入胞质所必须的
3、可以促进核糖体的有效循环
1、原核生物中mRNA的转录和翻译发生在同一个细胞空间，而且几乎是同时完成的；
2、原核生物mRNA的5’端无帽子结构，3’端没有或只有较短的多聚A尾结构，mRNA降解快，半衰期短；
大多真核生物mRNA的5’端有帽子结构，3’端具有一段大约50-200bp的多聚A尾结构。
3、许多原核生物以多顺反子的形式存在；
而真核生物以单顺反子的形式存在。
4、原核生物以AUG为起始密码子，有时以GUG, UUG为起始密码子；
真核生物只以AUG为起始密码子。
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