雖然台灣已經發展大閘蟹的本土養殖，不過專家提醒，大閘蟹是全球百大入侵種，養殖過程必須嚴格管理，否則可能造成本土毛蟹族群危機。
台灣扁絨螯蟹與合浦絨螯蟹皆為台灣原生種毛蟹，前者更屬台灣特有種。清華大學生命科學系教授曾晴賢介紹，這兩種毛蟹的分佈以中央山脈為界，台灣扁絨螯蟹分布在中央山脈以東；合浦絨螯蟹則分布在中央山脈以西。
台灣扁絨螯蟹與合浦絨螯蟹的習性雷同，同樣都棲息在溪流中，牠們會在繁殖季時大量移動到河口進行交配、產卵，而母蟹會在海中產下幼苗，幼蟹待經歷過幾次蛻殼之後，便會開始踏上朝河川上游前進的溯源之路。
曾晴賢指出兩者的差異：台灣扁絨螯蟹體色深綠，僅大螯外側有毛，且主要是在端午節時會開始朝河口遷移，而合浦絨螯蟹體色較淺，大螯內外皆有毛，主要是在冬至前後才會向河口移動。
大閘蟹則是另一種國人非常熟悉的淡水毛蟹。「青背、白肚、金爪、黃毛」是辨識大閘蟹的四大關鍵特徵，原產於中國沿海至朝鮮半島西岸一帶，淡水湖泊與河川是其主要棲地，並以生活在長江流域的系群最為知名。大閘蟹也如台灣的毛蟹一般，會在繁殖期時，遷移到河口的淡鹹水環境交配與繁殖後代。
目前國人主要食用的兩種本土毛蟹：台灣扁絨螯蟹與合浦絨螯蟹，都只能仰賴野外抓捕，未能人工養殖，數量十分有限，所以毛蟹多只能在沿山地區的市場買到。
毛蟹不同於海蟹或青蟹，牠的體型小、蟹肉少，所以大家吃毛蟹絕大多數是為了牠飽滿且香氣濃郁的蟹膏、蟹黃而來。毛蟹一般多清蒸後直接食用，有時蟹膏、蟹黃甚至多到其蘊含的油脂會在蒸煮過程中從蟹殼毛細孔溢出，足見其肥美，許多人都是「一試成主顧」。
然而，淡水蟹體內的寄生蟲相對海蟹的寄生蟲，更能適應與寄生在人體中，其中最著名的莫過於中華肝吸蟲，因而會有不鼓勵食用淡水蟹的呼籲。曾晴賢則表示，淡水蟹只要完全煮熟，寄生蟲也會被煮熟，如此食用上比較沒有安全疑慮。
「食用毛蟹沒問題，毛蟹資源也相當可觀，但重點是棲息地洄游路徑要能保護得好」，曾晴賢表示，毛蟹日漸減少，許多人認為是遭人類獵捕殆盡，但河川治理水泥化，導致毛蟹的回鄉路艱辛、棲地也大量消失，更是族群數量銳減的重要原因。他強調，毛蟹繁殖一次的數量驚人，只要在自然環境中保護得好，資源量其實相當可觀，禁止人們食用並非最好方法。
至於老饕趨之若鶩的大閘蟹，長期仰賴中國進口，進口量在2015年達到866公噸的高峰。然而，除了寄生蟲問題外，中國進口的大閘蟹也不時傳出有產地造假問題或驗出硝基呋喃、戴奧辛等人體有害物質，始終籠罩在食安疑慮的迷霧中未能脫身。於是食藥署嚴格明定，進口大閘蟹必須來自經中國許可的養殖場，並出具相關檢驗證明後才有進口資格，也因而推動台灣開始引進大閘蟹苗進行人工養殖。
目前台灣養殖大閘蟹的規模仍非常小，以苗栗為重鎮，去（2021）年苗栗大閘蟹養殖面積為16公頃，約佔總養殖面積的八成五，新竹、雲林、屏東與花東等地區也都有零星養殖戶。
苗栗「安吃蟹」場主張錦安，是台灣養殖大閘蟹的初代養殖戶，養殖經驗達12年。他表示，苗栗縣政府在2011年前後與上海海洋大學攜手合作，引進大閘蟹蟹苗和養殖技術，養殖戶也組成養殖協會，以團體戰的方式，共享共創養殖經驗和產銷通路，使苗栗逐步成為台灣大閘蟹的主要產地。
養殖大閘蟹在1月底開始放苗，以0.1公頃放養2000隻的最適密度進行養殖。經歷五次蛻殼後，在9月、10月時達到成熟，肥美的大閘蟹便會被捕撈上岸販售。張錦安介紹，由於苗栗地區多採行生態養殖，在不用藥的情況下，收成率僅二至三成，遠低於中國七到八成的育成數據。
苗栗縣優質大閘蟹產銷協會總幹事陳雲湧指出，目前苗栗縣內大閘蟹養殖戶約有35～40戶，每年全縣可收成10萬至15萬隻大閘蟹。
「九月圓，十月尖」是吃大閘蟹的秘訣，張錦安解說，吃大閘蟹的時序，母蟹先於公蟹。母蟹腹部呈圓形，並且因繁殖的生理機制，比公蟹更早成熟，當俗稱「蟹黃」的卵巢日漸成熟，就是食用最佳時機，若等到母蟹完全成熟後，蟹黃會從稠狀逐漸變硬，口感與鮮味的美味程度便會下降。隨著深秋漸至，公蟹俗稱「蟹膏」的精囊與生殖器官也已成熟，公蟹三角形腹甲周圍會開始膨脹，蒸煮過程中會散發濃郁香氣，蟹膏吃起來則稍有黏牙感。
消費者該如何挑選大閘蟹呢？張錦安指出，不論公母，第一步都是先捏捏牠的步足，若捏起來軟軟的代表不夠成熟，吃起來會不夠飽滿、蟹肉甚至會苦。其二則是看其背部是否有弓起來、腹部是否厚實飽滿。他表示，大閘蟹成熟時，公蟹一般會在4兩以上、母蟹則是3兩以上，且用手電筒照在成熟大閘蟹的腹部，背甲會透出微微紅光。
消費者除了在餐桌上透過蟹膏、蟹黃來認識大閘蟹外，也當認識牠的另一個知名身份：聯合國自然保育聯盟（IUCN）名列的百大外來入侵種，與國際海事組織(IMO)列舉的全球十大最嚴重外來入侵物種。
原產於亞洲的大閘蟹，其身影在百年內遍佈北美洲、歐洲各國，因其環境適應力極強，族群數量龐大，在幾乎無天敵的入侵地，已造成當地生態的毀滅性影響與原生生物的族群式微。也因其穴居天性，造成河堤的損毀、漁撈網具被剪破等現象，在北美、歐洲與非洲等地造成的經濟損失和清理入侵種的支出，自1960年累計至今已高達6290多萬美元。近二十年間大閘蟹在美國康乃狄克州現身，當地官方與學界就非常擔心是否將造成當地復育鱒魚、鱘魚等工作功虧一簣。
由於台灣進口大閘蟹苗進行養殖，中興大學生命科學系教授施習德強調，「大閘蟹是外來種，並不適合在台灣養殖」，若大閘蟹從養殖池逃走，進到河川溪流中，不僅會嚴重衝擊生態，也可能導致台灣原有的毛蟹族群不保。他舉福壽螺為例，事後再多補救都已太晚，農政單位應要有具體完善的大閘蟹相關管理措施並嚴格落實。
據曾晴賢團隊近幾年的追蹤，少有看到外溢大閘蟹的蹤跡，不過他仍強調，這需要持續追蹤，避免大閘蟹真的逃逸到台灣野外。
農委會於2021年3月公告實施《大閘蟹苗進口應遵行事項》，規定蟹苗進口需先經戴奧辛及多氯聯苯檢驗合格，養殖場也須提出清晰的防逃設施照片、養殖場面積、預計放養量等資訊，才得申請養殖。漁業署科長林晏如表示，「漁業署每年都會函請縣市政府去查訪，原則上應該各場會被查到一次」。
即使進口蟹有些爭議，螃蟹仍是秋季大自然的美好贈禮，台灣因同時擁抱高山與大海，擁有豐富的本土蟹類可供食用，從大洋海蟹、溪流毛蟹到河口青蟹，各有各的迷人之處，更與這片土地的人文風土有著深刻連結。不妨在這秋高氣爽的時節，出門走走，向那山與海行去，享用各式螃蟹的鮮香滋味與文化底蘊。
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擁抱家土的海島子民。畢業於清華大學的人類學學徒。關心臺灣的農、漁業，希望透過文字的力量，講出土地與人的故事。樂於投身新事物，醉心於日常生活。
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