Single-cell landscape of immunological responses in patients with COVID-19
这篇文章和上一篇文章思路、设计、方法基本一致，甚至结论也有相似之处，通讯作者都是院士，但是为什么发的分值相差距大呢？除了文章发表先后顺序外，在样本量和数据分析方面做得更细致一些，亚群分析更细致一些，另外图表也比上一篇美观，这些问题都值得我们反思！
作者实施了单细胞RNA测序（scRNA-seq），观察了中度至重度症状的COVID-19患者外周血单核细胞（PBMC）的免疫反应。作者的研究描绘了COVID-19疾病发展过程中血液免疫细胞的高分辨率转录组图谱，这将有助于更好地了解该疾病的保护性和致病性免疫反应。
在由严重急性呼吸系统综合症冠状病毒2（SARS-CoV-2）感染引起的冠状病毒疾病2019（COVID-19）中，疾病严重程度与宿主免疫反应之间的关系尚未完全了解。在这里，作者对5位健康供体和13位COVID-19患者（包括中度，重度和恢复期患者）的外周血样本进行了单细胞RNA测序。通过确定免疫细胞的转录谱，并结合组装的T细胞受体和B细胞受体序列，作者分析了免疫细胞的功能特性。COVID-19患者中的大多数细胞类型均表现出强烈的干扰素-α反应和整体急性炎症反应。此外，高度细胞毒性效应T细胞亚群如CD4+ effector-GNLY (granulysin), CD8+ effector-GNLY and NKT CD160与中度患者的康复有关。在重症患者中，免疫系统的特征是干扰素反应紊乱，免疫力衰竭，T细胞受体组成偏向，T细胞广泛扩散。这些发现说明了疾病进展过程中免疫反应的动态性质。
图1：HD和COVID-19患者的PBMC的研究设计和单细胞转录谱。
(naive-state T (naive T) cells (CD3+CCR7+),activated-state T (activated T) cells (CD3+PRF1+),mucosal-associated invariant T (MAIT) cells (SLC4A10+TRAV1-2+),γδ T cells (TRGV9+TRDV2+),proliferative T (pro T) cells (CD3+MKI67+),natural killer (NK) cells (KLRF1+),B cells (MS4A1+),plasma B cells (MZB1+),CD14+ monocytes (CD14+ mono; LYZ+CD14+),CD16+ monocytes (CD16+ mono; LYZ+FCGR3A+),monocyte-derived dendritic cells (mono DCs; CD1C+),plasmacytoid dendritic cells (pDCs; LILRA4+), platelets (PPBP+)
图2：疾病状况的细胞组成差异。
CD4 + T细胞的6种亚型（CD3E + CD4+），CD8 + T细胞的3种亚型（CD3E + CD8A +）NKT细胞的3种亚型（CD3E + CD4 – CD8A –TYROBP +）
图4：T细胞亚群的免疫学特征
CD4 + T细胞簇的六个亚型naive CD4+ (CD4+ naive) T cell (CCR7+SELL+),memory CD4+ (CD4+ memory) T cell (S100A4+GPR183+),effector memory CD4+ T cell (S100A4+GPR183+GZMA+)regulatory T (Treg) cell (FOXP3+IL2RA+) 亚型，
两种effector CD4 + T亚型：CD4+ effector-GZMK and CD4+ effector-GNLY。CD4+ effector-GNLY簇的特点是与细胞毒性，包括相关联的基因的高表达NKG7，GZMA，GZMB，GZMH和GNLY，而CD4+ effector-GZMK 簇显示出的高表达GZMK基因（图4b和补充图4a，b）。此外，CD4+ effector-GNLY细胞表现出高表达的TBX21，表明它们是1型辅助性T（T H1）样细胞（补充图4c）。相反，CD4+ effector-GZMK和effector memory CD4+ T cell具有高表达GATA3的2型辅助T（T H 2）细胞样特征（补充图4c）。
CD8 + T细胞簇的三个亚型
CD8+ (CD8+ naive) T cell subset (CCR7+SELL+)and two effector CD8+ T cell subsets (CD8+ effector-GZMK and CD8+ effector-GNLY)，它们都具有高表达的GZMA和NKG7。CD8+ effector-GZMK独特表达GZMK，而CD8+ effector-GNLY显示出相对高的表达水平GZMB / H和GNLY（图4B和补充图4A，B）。