自1965年《文汇报》发表评《评新编历史剧<海瑞罢官>》，率先打响了向所谓“资产阶级文艺路线”进攻的枪声后，接着又发起了对邓拓吴晗廖沫沙的《三家村札记》和邓拓的《燕山夜话》的大批判，引起了文化艺术界不小的震动。但由于彭真、陆定一等人的约束，这场争论还基本限于学术领域。
《解放军报》发表《千万不要忘记阶级斗争》等多篇社论，试图将文化领域的斗争引入到政治领域。从中央主要领导人，到各级党政领导和广大干部群众，多数人对这场运动不理解，担心局面混乱，于是加以抵制。所以，社会上的反响不够强烈，与毛主席的相去甚远。
希冀
为破除阻力，使这场运动更深入、更广泛地开展起来，毛主席一方面采取组织措施，拿掉了阻碍文化革命的中央主管文化宣传工作的彭真与陆定一等，然后成立了新的文化革命领导小组；另一方面加紧掌控舆论工具，掌握宣传主动权，对“文革”作进一步的发动。
６月１日，《人民日报》发表了经陈伯达授意起草并改定的社论《横扫一切牛鬼蛇神》。社论指控，那些大大小小的“三家村”，执行反党反社会主义黑线，做资本主义复辟的美梦；制造复辟舆论，争夺群众，争夺年青一代和将来一代。社论鼓动群众起来，“横扫盘踞在思想文化阵地上的大量牛鬼蛇神”，把资产阶级的“专家”、“学者”、“权威”、“祖师爷”打得落花流水。社论号召“彻底破除几千年来一切剥削阶级所造成的毒害人民的旧思想、旧文化、旧风俗、旧习惯，创造和形成崭新的无产阶级的新思想、新文化、新风俗、新习惯。”
同日，中央人民广播电台向全国播发了北京大学聂元梓等人写的批判北京大学党委和北京市委的一张大字报。
同日的《人民日报》还刊登了聂元梓等人的大字报和《欢呼北大的一张大字报》的评论员文章。聂元梓等人的大字报，响应《五一六通知》，率先向北大党委和北京市委开火。说北京大学是“反党反社会主义的顽固堡垒”，北京大学党委是“假共产党”、“修正主义的‘党’”，号召大家“把他们打倒，把他们的黑帮、黑组织、黑纪律彻底摧毁”。
评论员文章，称赞这张大字报为"全国第一张马列主义大字报"和"20世纪60年代北京公社宣言"。就是希望大家能以聂元梓为榜样，像她那样迅速行动起来，跟资产阶级当权派和修正主义路线作斗争。
6月3日、4日、5日、7日，《人民日报》又接二连三地发表气势逼人的重要社论。
6月4日《人民日报》社论《撕掉资产阶级”自由、平等、博爱”的遮羞布》社论指出，混进我们党内的一小撮资产阶级代表人物，别有用心地掩盖这场斗争的阶级实质，把严重的政治斗争，硬说成是什么“纯学术的问题”，是什么“不同意见的讨论”， 打出了一面资产阶级“自由、平等、博爱”的黑旗，同以毛主席为首的党中央的无产阶级文化革命路线相对抗。社论号召，要彻底粉碎资产阶级黑帮的猖狂进攻，坚决拔掉资产阶级“自由、平等、博爱”的黑旗，横扫一切牛鬼蛇神， 把伟大的社会主义文化大革命进行到底。
6月7日的社论《做无产阶级革命派，还是做资产阶级保皇派？》，更具煽动性。所谓“保皇派”，是指支持保护“资产阶级司令部”，或支持保护当地党政组织、本单位领导、“走资派”，对文化大革命有保留意见，与造反派持不同政见的人和组织。
该社论硬把人群简单分为“革命派”和“保皇派”两个对立的派别，逼着人们选边站队，成为造反的“革命派”。
这些发动文革的非常措施，引起了巨大反响。文化革命的风暴骤然形成，迅速席卷全国。
最先起来“造反”的是大、中学校的学生。自6月1日起，短短几天内，全国几乎所有的大、中学校都出现了学生造反的“革命行动”。学生们在学校里贴大字报，开辩论会，矛头指向校党委、党支部及校领导。一些学校的批判迅速升级为对校领导和教师的批斗，正常的教学秩序已经难以维持，混乱不堪。由于对基层党组织的态度不同，学校的师生员工自然分成了“造反派”和“保守派”（又称“保皇派”），两派争斗，混乱局面日趋严重。
不久，身外武汉的毛主席指示刘少奇召开政治局扩大会议，重点商讨如何应对动荡局面。面对哄然而起的群众运动，主持中央日常工作的刘少奇、邓小平，主张加强党的领导，对正在扩散的狂热情绪加以约束，防止混乱局面继续扩大。
6月3日，中央召开政治局常委扩大会议。刘少奇在会上明确表示，动荡是国家发展的必由之路，可以允许其延续，但一定要注意控制规模，不能让动荡影响经济发展。经过讨论，决定按照党领导历次群众运动的做法去做，同意北京市委向大、中学校派出工作组，领导各单位的文化大革命。毛泽东对此表示了同意。
同日，中央政治局针对已经出现的问题，对大、中学校的文化革命运动作出若干规定，拟定了《八条指示》，提出要“内外有别”、“注意保密”、“大字报不要上街”、“不要示威游行”、“不要搞大规模声讨会”、“不要包围黑帮住宅”等要求，力图使混乱局面得到一定控制。
6月４日，中共中央改组了北京市委。由华北局第一书记李雪峰兼任北京市委第一书记，调中共吉林省委第一书记吴德任北京市委第二书记。新市委同日决定：改组北京大学党委；派以张承先为首的工作组进驻北京大学。工作组“代行党委的职权”，对“文化大革命进行领导”。
此后几日内，全国大部分省、市、自治区和中央部、委陆续向本地区、本系统的一些大专院校（包括部分中学）派出了工作组。工作组进入学校后，停止了原校领导的职权，由工作组代为行使。工作组相继组织了对“反党反社会主义的头面人物”的斗争，主持了对文化教育界一批知名人士和领导干部的揭发批判。其间，也出现了不少过“左”倾向。一些学校的主要领导人被指责为“资产阶级代表人物”，一些专家教授被判为“反动学术权威”，一些有政治历史问题和复杂社会关系的教师遭到了歧视。
尽管如此，工作组力图使运动在党的领导下有序进行的做法，仍然引起一些情绪偏激的造反学生的不满，也受到中央文革小组越来越强烈的批评。
６月１６日，《人民日报》发表《放手发动群众 彻底打倒反革命黑帮》的社论及新华社关于南京大学校长匡亚明镇压学生运动被撤职被批斗的电讯。社论宣称，文化大革命对于一些部门和单位来说，“是一个夺权的斗争，是一个变资产阶级专政为无产阶级专政的斗争”。社论号召“必须采取彻底革命的办法，必须把一切牛鬼蛇神统统揪出来，把他们斗臭、斗垮、斗倒”。
不久，一些造反学生贴出抨击工作组的大字报，有些学生不经过工作组而自行组织批斗所谓的“黑帮”。
6月18日，北京大学的一些学生避开工作组，将40多位党团干部、教师拉出来批斗，其间，还发生了抹黑脸、戴高帽、罚跪、扭打、侮辱妇女等行为。工作组发现后迅速予以制止。
6月20日，党中央向全国批转了北京大学工作组关于这次事件处理情况的简报。刘少奇在按语中说：“中央认为北大工作组处理乱斗现象的办法，是正确的，及时的。各单位如果发生这种现象，都可参照北大的办法处理。”各地工作组在贯彻党中央上述精神的过程中，得到多数群众的支持，却加剧了同造反派的对立。后来，转发简报这事被江青等说成是“镇压学生运动”事件。
6月20日，《人民日报》发表社论《革命的大字报是暴露一切牛鬼蛇神的照妖镜》。社论说，无产阶级文化大革命的高潮已经到来了。我们要站在运动的前面,积极领导这个运动。社论引用毛主席的话说:“大字报是一种极其有用的新式武器”。我们要放手发动群众,采取大鸣、大放、大字报、大辩论的方法,让群众把意见充分地讲出来,把那些反党、反社会主义、反毛泽东思想的资产阶级代表人物统统揭出来,把一切牛鬼蛇神统统揭出来,把资产阶级的反动堡垒一个个地砸得粉碎。
随着运动的发展，刘少奇、邓小平等中央领导同中央文革小组，在如何领导运动问题上，分歧越来越大。
在陈伯达、江青、康生等的挑动和支持下，学生轰赶工作组的事件不断增多，到6月中下旬达到高潮。
7月18日，毛泽东从武汉回到北京。在听了康生、陈伯达、江青等对情况的片面汇报后，对运动的进展表示很不满。认为北京的文化大革命搞得冷冷清清，学生运动受到压制。
对大批派工作组，毛主席有了不同看法。他曾在7月8日给江青的信中写到“天下大乱，达到天下大治”。“现在的任务是要在全党全国基本上（不可能全部）打倒右派，而且在七八年以后还要有一次横扫牛鬼蛇神的运动，尔后还要有多次扫除”。
7月19日、22日，刘少奇两次主持中央政治局常委扩大会议，研究“文化大革命”有关问题。陈伯达在会上明确提出要撤销工作组，遭到邓小平等多数同志的反对。陈的意见被否决。
7月24日，毛泽东召集中央政治局常委和中央文革小组成员开会，严厉批评了刘少奇、邓小平，指责派出工作组的做法“实际上是站在资产阶级立场上，反对无产阶级革命”。决定撤销工作组。
7月25日，毛泽东在接见中央文革小组成员和在京各中央局书记时说：“不要工作组，要由革命师生自己搞革命，成立革命委员会。”他指责工作组“一不会斗，二不会改，起坏作用，阻碍运动”。他又说，“要允许群众通天”，认为“不准包围报馆，不准包围省委，不准包围国务院，不准到中央来”的规定，都是“阻碍群众革命”。
根据毛泽东的指示，7月28日，北京市委正式发出《关于撤销各大专院校工作组的决定》，并说明“这一决定也适用于中等学校”。
7月29日，北京召开大专院校和中专文化大革命积极分子大会。周恩来在会上传达了毛主席提出的“文革”三大任务：一斗、二批、三改。邓小平、周恩来、刘少奇先后讲话，代表中央对派工作组一事承担了责任。刘少奇说：至于怎么样进行无产阶级文化大革命，你们不大清楚、不大知道。我老实回答你们，我也不晓得。我想，党中央其他的工作人员也不知道。”邓小平、周恩来都说，这是“老革命遇到了新问题”。
为了要给文革“让路”，1966年的高校招生工作都没有进行，招生考试办法的改革也无法落实。直至三年后，高校招生才逐步恢复，且只招收工农兵学员。
撤出工作组，进一步削弱了党对文化革命运动的领导，导致全国文化、教育、学术、新闻等领域一下子陷入了无政府主义状态，混乱不堪。好在中央在7月2日和22日相继发出通知，对工业交通企业、基本建设单位和县以下单位，县以下设计单位以及科研单位开展文化大革命运动作出了限制，才不至于立马出现“天下大乱”的混乱局面。