自古以来，长江三角洲的沙嘴不断向前推进，出海口逐步东移，旧沙嘴逐渐演变为新的沙洲，导致河道逐渐变窄。这些新生的沙洲，初期土地尚未坚固，容易受到江水和海潮的侵袭。而且，长江主流不断调整方向，一些沙洲被冲刷、坍塌，给居住在这些地方的人们带来了极大的危险。
唐代诗人白居易在送别宠姬樊素的《长相思》中写道：“汴水流，泗水流，流到瓜洲古渡头，吴山点点愁”；宋代王安石应召入汴京，从金陵乘船东下，途经瓜洲，留下了名篇：“京口瓜洲一水间，钟山只隔数重天，春风又绿江南岸，明月何时照我还？”细读这些关于瓜洲古渡的诗句，常使人不禁追忆起那段古老的风雅时光。
然而，那个昔日军事重地、诗人咏叹、商旅交汇的繁华瓜洲，在清朝末期已经被长江的洪流摧毁殆尽。
1. 长江口的演变与瓜洲的诞生
大约6000到5000年前，长江三角洲大部分地区变成了浅海、潟湖、沼泽和滨海低地。长江口下游呈喇叭形，口外波涛汹涌，受到波浪作用的影响，逐渐形成了江北的古沙嘴和江南的古沙堤，最终汇聚成一个三角湾。
公元前1世纪，长江三角湾的北侧沙嘴南缘大致位于扬州和泰兴以南的江岸，东界延伸至如皋、李堡一线，沙嘴前端位于如皋以东。而东侧有一古沙洲（扶海洲），将长江的主流分为南北两道。六朝时期，北侧的岸线大致从泰兴、如皋至白蒲一带，沙嘴前端延伸至如东（掘港），称为寥（料）角嘴。此时，南通地区仍处在大海之中。
到了唐代，岸外的沙洲逐渐涨起，形成了东洲和布洲，后来合并成了东布洲，直到北宋初期这些沙洲与岸线融合，寥角嘴的沙洲扩展至吕四。到了南宋时期，岸线大致在泰兴、狼山、刀刃山、江家镇一线，海门县东南部和启东县一带依然未成陆。经过清代雍正时期的变化，海门群沙逐渐形成。到了光绪年间，启东的群沙也并入，长江三角洲北岸的面貌才基本定型。
随着沙嘴的不断推进，出海口的东移，古沙嘴的边缘逐渐收窄，新的沙洲不断生成，导致河道变窄，主流道的不断摆动，部分阻流的沙洲逐渐被冲击和坍塌。扬州与镇江之间的水道，原本宽阔约40里，后来逐渐收缩至20里。最早形成的是北洲（即沙头、李典），接着是南洲（头桥、镇江高桥），瓜洲也在此时形成；之后还生成了新民洲、世业洲等沙洲，这些沙洲或位于江心，或与北岸相接，行政上通常归镇江管理。
在隋代之前，运河的入江口位于丹徒，江面宽约40里，直到扬子桥以南的江面上形成了一个沙洲，并且由于这个沙洲的形状像瓜，便称之为“瓜洲”。据扬州水利史专家徐炳顺介绍，瓜洲原是一个江边的小村庄，后来因长江流沙的冲积，到了晋代时，逐渐“长”出了大片的陆地。最初，这个沙洲的形状像一个“瓜”字，同时，漕河也在此处分为三条支流，形态类似瓜字，因此被命名为“瓜洲”。
瓜洲最初叫做瓜洲村，后来又称为瓜步、瓜渚、瓜埠等。根据《嘉庆瓜洲志》记载：“瓜洲虽江中沙渚，然始于晋，盛于唐宋，屹然称巨镇，为南北扼要之地。”自唐开元以后，沙洲的面积逐渐增大，民众开始定居，瓜洲逐渐成为大江南北交通的关键地带，江面逐渐收窄至20里左右。
2. 瓜洲的军事价值
历史上的瓜洲，是漕运的关键节点，也是古运河的入江口。尽管地方不大，但由于其在江防上的重要性，瓜洲被称为“江防要塞”，一直是兵家必争之地。
根据史料记载，瓜洲城镇在明代嘉靖年间开始建设。为了防范倭寇，地方官员沿着江岸修建了一座长543丈、墙高9尺、厚度为2丈1尺的“城墙”，经过多次加筑，最终形成了环绕四周的城池。
明代的瓜洲，是与镇江同等重要的“第二重门户”。《读史方舆纪要》中的《江防考》（明万历二十七年）记录了这一点：“大江南岸圌山、北岸三江口，为第一重门户，而镇江瓜洲则第二重门户，仪真（征）天宁洲为第三重门户。”
到了清代雍正年间，江都县下辖6个“都”，每个“都”管辖12个“图”，瓜洲管辖6个“图”，并且设立了扬子桥、皂角林、花家园等兵防部队“铺”，总兵力超过100人。这样一座“关隘要地”，显然是具有战略意义的。
3. 运河与古渡成就瓜洲的繁华
在唐开元二十五年（737年），润州刺史齐瀚为了缩短航程，提议开凿一条新河，名为伊娄河，长达25里，连接扬州南部的瓜洲浦。这条新河的开通大大缩短了从京口到扬州的航程，避免了风浪之灾，同时每年的运费也大幅减少。从此，瓜洲成为了大运河的出江口，成为长江和运河的交汇点，也成为漕运中转北上的重要门户，尤其是盐运的关键出江点。
到了南宋以后，瓜洲距离京口越来越近。传说站在瓜洲城楼上，可以与金山上的人互相呼喊。《读史方舆纪要》也记载了这一变化：“唐宋以来，滨江周渚日增，江流日狭，宋时瓜洲渡口犹十八里，今瓜洲至京口不过七八里。”
明代的瓜洲因其商贸的繁荣，被誉为运河漕运和盐运线上的一座“明星之城”。在大运河申遗的过程中，历史学者还发现了多幅100多年前的《城河图》《治水工程图》，展现了当时因河流与渡口而兴起的繁华景象。
瓜洲的城内街巷齐全，商贸发达。《嘉庆瓜洲志》记载了古代瓜洲的疆域：“在江都县南45里，东至丹徒县连城洲，西至花园港，南至金山，北至扬子桥，东北至冯家桥，皆瓜洲巡检司所辖也。”这片区域大约相当于今天瓜洲镇行政辖区面积的一半。城内有大观楼、文昌桥、拖桥、城河等标志性建筑。