近年来，基于蛋白质组学和转录组学的高通量检测技术也为细胞凋亡研究开辟了新途径。通过检测凋亡相关基因和蛋白质的表达变化，可以更全面地理解凋亡调控网络，发现新的凋亡标志物，为疾病诊断和治疗提供新的思路。
荧光显微镜技术结合凋亡特异性荧光染料，如TUNEL染色法，能够标记断裂的DNA末端，从而在细胞水平直观显示凋亡的发生。这种方法对于组织切片和活细胞培养均适用，尤其适合观察凋亡在时间和空间上的动态变化。
细胞形态学观察
细胞形态学观察，特别是借助透射电子显微镜（TEM）的技术手段，长久以来被视为确认细胞凋亡这一复杂生物学过程的金标准，其地位无可撼动。透射电镜以其卓越的分辨率，能够深入到细胞的微观世界，揭示那些肉眼难以捕捉的精细结构与微妙变化。
在细胞凋亡的精密调控网络中，透射电镜仿佛是一位洞察力敏锐的侦探，精准地捕捉到细胞膜结构的皱缩、细胞质的浓缩与边缘化、以及核质的凝聚与碎裂等标志性特征。这些特征，如同凋亡细胞留下的独特“指纹”，为科学家们提供了确凿无疑的证据，证明细胞正沿着预定的生命轨迹，步入程序性死亡的殿堂。
透射电镜被认为是确认细胞凋亡的金标准。
细胞发生凋亡后可观察到以下特征：（1）细胞体积变小，细胞核缩小；（2）染色质边缘化、凝集；（3）核碎片与胞质内的部分细胞器混合；（4）被细胞膜包裹形成的凋亡小体。除了透射电镜的直观观察，流式细胞术也是检测细胞凋亡的重要手段之一。该技术通过标记特定的凋亡相关蛋白，如磷脂酰丝氨酸外翻的Annexin V结合荧光染料，以及细胞核DNA断裂后产生的亚二倍体峰，可以定量检测细胞凋亡的比例。流式细胞术不仅操作简便、快速，还能对大量细胞进行统计分析，适用于高通量筛选和药物研发中的凋亡评估。此外，近年来，随着荧光显微镜技术的飞速发展，激光共聚焦显微镜和超高分辨率显微镜如STED（受激发射损耗显微镜）也被应用于细胞凋亡的研究中。这些高级成像技术能够提供更精细的细胞结构信息，使研究者能够观察到凋亡过程中更微妙的形态变化，如细胞膜磷脂层的动态重排、线粒体形态的改变以及凋亡相关蛋白的精确定位。