临床医生的基本功：正确采集和运送标本
优秀的临床医生应该知道何为最佳标本
怎样才算是一份合格的痰标本？
医生或护士直视下采集标本，如有必要，可用吸痰器采集。
患者先用无菌生理盐水漱口，去除表面的菌群。
教育患者深咳，收集从下呼吸道咳出的痰液。
清晨的痰含菌量最多，是最佳采集时间，但不应受此限制而导致在应用抗生素之后采集所谓“最佳”的痰标本。
应在抗生素使用前采集痰标本。
标本采集后1~2 h内必须立即进行实验室处理。
如果无痰，可用5 ml 3%~5%的NaCl雾吸约5 min导痰，也可采用物理疗法、体位引流、鼻导管抽吸等方法取痰。
不建议24 h之内多次采集，除非痰液外观性状出现改变。
不同病原体标本的最佳类型
针对不同病原体，呼吸道标本的类型不同。痰和BALF是所有病原体的最佳标本，但对于病毒，咽拭子亦可。
2017年欧洲指南对于真菌感染气道标本检测的实验室推荐如下。
不同感染获取的标本不同。如果是上呼吸道，真菌多为念珠菌，所以最佳标本为口腔黏膜拭子、舌拭子或口咽拭子。
下呼吸道标本中，痰和支气管镜标本最为重要。
医院获得性肺炎，如果培养曲霉，最好的标本是支气管抽吸物、BALF和防污染样本毛刷（PSB）。
BALF标本培养的阳性率高，合格率高；采集不需要患者的配合；能避免上呼吸道定植菌的污染，减少对培养结果判断的干扰。对于危重患者，下呼吸道标本获取途径主要包括灌洗和刷检，但作为感染疾病的标本操作应规范，可以参考中华医学会呼吸病学分会感染学组专门制定的感染疾病支气管肺泡灌洗操作规范。
检验医生的基本功：正确地检测标本
痰标本在病原学诊断中面临的困难
涂片结果的规范报告应包括的内容
不合格标本：实验室应拒收
痰标本—从检验的角度如何区分定植与感染
BALF的涂片革兰染色
直接镜检是诊断念珠菌、霉菌定植最简单和实用的方法
培养结果的报告规范
痰标本镜检与培养结果阳性的可能
结果阳性的判定在无菌部位和带菌部位意义不同
BALF培养的意义
临床与实验室沟通：结合临床进行鉴别
定植与感染的区分方法
宿主：危险因素的更新——不同真菌的危险因素不同。
ICU患者的侵袭性肺曲霉病定义更新：更多危险因素被纳入。
肺移植患者的IFI危险因素。
慢性阻塞性呼吸道病变患者入住ICU和曲霉定植伴随高IPA风险。
支气管扩张患者高曲霉气道定植率、慢性感染和过敏常见。
肺念珠菌感染与多方面因素相关，而非单纯的免疫因素。其中，疾病因素包括慢阻肺、肺炎、肺癌、哮喘、支气管扩张、慢性支气管炎、气胸、胸膜疾病、急性支气管炎、上呼吸道感染、肺间质疾病、肺结核、OSAS、肺脓肿和其他。患者因素包括老年、胃肠道功能差、肝肾功能差等。治疗药物及手段因素包括类固醇糖皮质激素的应用、机械通气、留置导尿管、中心静脉插管、全肠外营养等。上述因素均可导致念珠菌感染性侵袭。
微生物检查阳性不等同于感染。
病原体分离部位：正常无菌的体腔（血液、脑脊液、胸腔和腹腔积液等）中分离到的病原体，考虑责任病原体。
非无菌部位（皮肤、黏膜或创面）分离的病原体，同时结合有无临床、影像、生化以及组织病理依据，多倾向于定植。
但如果脓液培养，或反复为同一结果，或保护性标本，或菌落计数达到一定量，倾向于感染。
ICU患者侵袭性肺曲霉病的诊断标准：2019年EORTC/MSGERC更新了侵袭性肺曲霉病确诊和临床诊断标准，2021年对应ICU患者特点，EORTC/MSGERC ICU工作组做了相应的调整建议。
念珠菌定植指数（CI）：每周2次同时送以下6个部位的标本进行培养，计算CI和校正值（CCI），①气道分泌物或咽拭子；②胃液；③尿液；④大便或肛门拭子；⑤伤口拭子或腹部引流液：⑥导管插入部位的拭子。CI=检出菌落部位数/采集标本部位（血液除外）总数。CCI=CI×（菌落重度生长部位数/检出菌落生长部位数）。若CI≥0.5或CCI≥0.4，认为有侵袭性念珠菌感染高风险。
念珠菌评分（CS）辅助判断念珠菌定植和感染：念珠菌多部位定植记1分，外科手术记1分，严重感染记2分，全胃肠外营养记1分。念珠菌定植患者可用念珠菌评分进行评价，以指导治疗，0～5分，定植指数评分越高，侵袭性念珠菌感染可能性越大。
小结
临床医生应重视临床资料的收集，正确地采集标本、保管和运送，并及时送检。
微生物实验室医生应及时接收标本，判断是否为合格标本，及时、规范检测。